طبق ماده ۹۷ ق.م.ا عفو عمومی‌که به موجب قانون در جرائم موجب تعزیر اعطاء می‌شود، تعقیب و دادرسی را موقوف می‌کند. در صورت صدور حکم محکومیت، اجراء مجازات متوقف و آثار محکومیت نیز زایل خواهد شد. ماده ۹۸ ق.م.ا « عفو، همه آثار محکومیت را منتفی می‌کند. لکن تأثیری در پرداخت دیه و جبران خسارت زیان دیده ندارد.». مقررات عفو عمومی شامل همه جرایم موجب تعزیر می‌شود و آثار محکومیت را نیز زایل می‌کند و حالت تعدد معنوی و اجرای مجازات اشد را نیز شامل می‌شود. در عفو خصوصی مجازات فقط در مرحله اجرا ممکن است موقوف الاجرا شود و آثار جزایی قبل از عفو بر مرتکب مترتب می‌شود.
۴-۲-۴-۶ ضرر و زیان ناشی از جرم
یکی از بحثهایی که بعضی حقوق دانان به آن اشاره نمودند مطالبه ضرر و زیان ناشی از جرم در حالت تعدد معنوی می‌باشد. سوالی که مطرح نمودند این است که هرگاه مدعی خصوصی که از عنوان خفیفتر، خسارت دیده است دعوای مطالبه ضرر وزیان ناشی از جرم را مطرح کند آیا تکلیفی برای رسیدگی به این دعوا وجود دارد؟ در پاسخ چنین گفته‌اند: «با استناد به قواعد و ظاهر قانون، پاسخ مقتضی پاسخ منفی است زیرا دعوای خصوصی تابع دعوای عمومی می‌باشد و دعوای عمومی مربوط به وصف خفیفتر، اصلا مطرح نشده است تا بتوان دعوای خصوصی مرتبط با آن را مطرح کرد وانگهی طرح دعوای خصوصی در دادگاه کیفری، یک استثناء است که در موارد مشکوک باید حکم به عدم امکان طرح آن داد.». اما این پاسخ خشک و ظاهری با واقعیت‌های اجتماعی، سازگاری ندارد و بهتر است برای جلوگیری از تضییع حقوق قربانیان جرایم، به امکان طرح چنین دعوایی نظر بدهیم به ویژه که در دعوای ضرر و زیان ناشی از جرم که مبتنی بر قواعد مسولیت مدنی است، به فعل زیانبار به عنوان یک عمل مادی توجه می‌شود و وصف قانونی آن اهمیتی ندارد. آنچه مسلم است این که متهم، فعل زیانباری را انجام داده و این فعل، سبب ورود خسارت به مجنی علیه شده است و این برای مسولیت مرتکب، کافی است.(زراعت، ۱۹۵:۱۳۸۵)
نویسنده در خصوص ضرر و زیان ناشی از جرم در تعدد معنوی معتقد است که در تعدد معنوی هیچ یک از دو عنوان ارتکابی نباید با هم مختلف باشند و مرتکب به هرکدام از جرایم که محکوم شود باید ضرر و زیان ناشی از جرم را جبران نماید. یعنی وصف اشد یا اخف در ضرر و زیان ناشی از جرم در تعدد معنوی جایگاهی ندارد. مثلاً تعدد معنوی در جرم استفاده از سند مجعول و شروع به کلاهبرداری که مطرح است – هرچند که مقنن در این مورد حکم جمع مجازات‌ها را پذیرفته است- اگر شخصی با بهره گرفتن از سند مجعول به شخصی ضرری وارد نمود باید جبران خسارت نماید و یا می‌تواند بر اساس شروع به کلاهبرداری ادعای خسارت کند زیرا استفاده از سند مجعول در هر دو یکسان است.
۴-۳ قواعد شکلی اعمال تعدد معنوی
نظام آیین دادرسی کیفری ایران مبتنی بر نظام مختلط است که در آن مرحله تحقیقات مقدماتی از تحقیقات نهایی تفکیک می‌شود. در فرایند رسیدگی به اتهامات متهم در مرحله تحقیقات مقدماتی در موارد مربوط به تعدد معنوی مسایلی مطرح می‌شود که در غیر موارد تعدد جرم یا اصلاً مطرح نیستند و یا در صورت مطرح بودن واجد اهمیت عملی به مثابه موارد تعدد جرم نیستند. در نظرات برخی حقوق دانان اشکالات و ابهامات دادرسی در خصوص اعمال مجازات اشد یا اخف و نحوه تعقیب و اعمال آن ها به چشم می‌خورد. در این قسمت از نوشتار در خصوص تعدد معنوی با بررسی قواعد آیین دادرسی کیفری در صلاحیت، مرحله تحقیقات مقدماتی و محاکمه و صدور رأی نسبت به این نوع از تعدد پرداخته می‌شود. (رستمی غازانی، ۲۵:۱۳۹۰)
۴-۳-۱ اثر تعدد معنوی نسبت به صلاحیت دادگاه
در خصوص صلاحیت دادگاه در تعدد معنوی اظهاراتی توسط حقوق دانان بیان شده است. دکتر علی‌آبادی چنین بیان داشتند: «از لحاظ صلاحیت دادگاه طبق یک سنت مستمر، دادسرا مخیر است جرم ارتکابی را که عنوان تعدد معنوی دارد در دیوان جنایی یا دادگاه جنحه تعقیب نماید در این جا با یکی از مظاهر قلمداد کردن جنایت به صورت جنحه مواجه می‌شویم این است که از وصف اشد جرم ارتکابی که به آن خصیصه جنایت می‌بخشد صرفنظر نمایند ایرادی که براین رویه وارد است یکی از قواعد اساسی آئین دادرسی کیفری مشعر بر این است که تعقیب هر جرمی روی وصف واحد عمل نبوده بلکه استوار بر نفس عمل آمیخته به کلیه اوصاف آن می‌باشد. بنابرین دستبرد به عفت در علن که جنایت تلقی می‌شود باید تنها در دیوان جنایی که واجد صلاحیت تامه است رسیدگی شود. علمای جزاءعموماً این رویه خلاف قاعده را در صورتی جائز می‌دانند که بین دادگاه جنحه و اصحاب دعوی در این نحو رسیدگی توافق به عمل آید.».(علی آبادی، ۲۷۰:۱۳۵۲)
در یکی از نشستهای قضایی این سوال مطرح شد که آیا فعل واحد دارای عناوین متعدد جرم که رسیدگی به آن از جهتی در صلاحیت دادگاه عمومی و از جهتی در صلاحیت ذاتی دادگاه انقلاب اسلامی است در هر دو مرجع به صورت جداگانه رسیدگی می‌شود و هر مرجع مجازات مستقلی را اعلام می‌کند یا اینکه هر دو موضوع در مرجعی که به جرم مهمتر رسیدگی می‌کند رسیدگی خواهد شد؟ اکثریت این نظر را داشتند که دادگاه صالح برای رسیدگی به چنین جرایمی چون مشمول تعدد معنوی است، بر اساس ماده ۴۷ ق.م.ا و ماده ۵۵ ق.آ.د.ک در صلاحیت مرجعی است که به جرم اشد رسیدگی می‌کند، زیرا تفسیر قانون همیشه در جهت رعایت حال متهم از لحاظ شدت مجازات‌ها است. اقلیت نیز چنین نظر دادند که هر یک از دو مرجع باید به موضوعی که در صلاحیت ذاتی خود است رسیدگی نماید و رسیدگی به بعضی از جرایم ذاتاً در صلاحیت یکی از مراجع قانونی است، لذا مرجعی غیر از آن مرجع نمی‌تواند به موضوع رسیدگی نماید. نظر کمیسیون بدین شرح بود: «اولاً، تعدد در تعزیرات است ثانیاًً، ماده استنادی ماده ۴۶ ق.م.ا است که بنا به مراتب، مجازات جرم اشد اعمال می‌گردد و در نهایت دادگاهی که به جرم اشد رسیدگی می‌کند صالح به رسیدگی است.».[۴۵]
۴-۳-۲ تحقیقات مقدماتی در تعدد معنوی
در تعدد معنوی که رفتار واحد، واجد عناوین متعدده جرم است، در حین انجام تحقیقات مقدماتی مسائل خاصی مطرح می‌شود. اینکه کدام یک از عناوین مجرمانه می‌بایست به متهم تفهیم شود و جریان تحقیقات مقدماتی بر مبنای کدام یک از عناوین طی شود، قابل بحث می‌باشد. آن گونه که در مباحث پیشین اشاره شد، در جرایم مستوجب مجازات‌های تعزیری در تعدد معنوی مرتکب به مجازات عنوان اشد محکوم خواهد شد، بنابرین بنا به یک قاعده کلی، قواعد لازم‌الاجرا برای عنوان اشد در مورد متهم جاری خواهد شد. در ادامه با تفصیل بیشتر نسبت به مسائل عمده مطرح در فرایند تحقیقات مقدماتی در خصوص تعدد معنوی جرم اشاره می‌شود.(رستمی غازانی، ۲۵:۱۳۹۰)
۴-۳-۲-۱ شکایت شاکی
